Kisah Bunga Darah di Malam Anyir berlatarkan peristiwa pembantaian para tokoh agama dan tokoh masyarakat oleh sekelompok politisi 'gagal', yang menamakan diri mereka sebagai Organisasi Merah. Dalam menjalankan misinya, mereka menyamar seperti seorang ninja.
Beberapa tahun kemudian seorang santri perempuan memperjuangkan mimpinya untuk menjadi pengarang kitab (muallif) meskipun ia terus dibayangi oleh trauma masa kecilnya. Tak disangka, Ia bersama teman-temannya pun terlibat dan harus berjuang melawan Organisasi Merah yang ternyata masih eksis keberadaannya.